Pegasus'un hikayesi, Yunan mitolojisinde şu şekilde anlatılır: Pegasus, Yunan mitolojisindeki deniz tanrısı Poseidon ile yılan saçlı Gorgon Medusa’nın oğludur. Pegasus ve kardeşi Chrysaor, Perseus tarafından başı kesilerek öldürülen Medusa’nın gövdesinden doğar. Pegasus, son derece nazik, ince ruhlu, saf ve iyi kalpli bir yaratık olarak tanımlanır. Tek başına kalan Pegasus uçmaya devam eder ve Olympos’taki Zeus’un yanına ulaşır. Pegasus isminin, Pegasus Hava Yolları'nın kuruluş hikayesiyle de bağlantısı vardır: Pegasus ismi, şirketin kurucu ortaklarından olan Burhan Silahtaroğlu tarafından önerilmiştir. Pegasus Hava Yolları, 1990 yılında Aer Lingus, Silkar Yatırım ve Net Holding'in ortak girişimiyle İstanbul'da kurulmuştur.