Ninjago'nun en iyi senaryosu konusunda kesin bir görüş yoktur, ancak bazı sezonlar izleyiciler tarafından daha çok beğenilmiştir: 1. "Rise of the Snakes" (1. sezon) ve "Legacy of the Green Ninja" (2. sezon), genel olarak iyi senaryoya sahip olarak değerlendirilmektedir. 2. "Tournament of Elements" sezonu, yeni karakterler ve gelişim gösteren hikayesiyle övgü almıştır. 3. "Skybound" sezonu, özellikle Jay ve Nya'nın arasındaki ilişki ve Nadakhan'ın hikayesi nedeniyle beğenilmiştir. Ayrıca, "Possession" sezonu da duygusal etkisi ve Lloyd'un yaşadığı dönüşüm nedeniyle izleyiciler tarafından favori olarak gösterilmektedir.