Ninja'nın İntikamı (Ninja Assassin) filmi, dünyanın en ölümcül suikastçilerinden olan Raizo’nun hikayesini anlatıyor 12.

Raizo, çocukken, varlığı bile bir söylence olarak kabul edilen gizli örgüt Ozunu Klanı tarafından sokaklardan alınıp bir ölüm makinesi olmak üzere eğitilmiştir 12. Arkadaşının klan tarafından acımasızca öldürülmesini bir türlü unutamayan Raizo, örgütten kaçar ve ortadan kaybolur 12. Şimdi intikamını almak için hazırlık yaparak beklemektedir 2.

Berlin’de, APT ajanı Mika Coretti, birçok siyasi cinayeti Uzak Doğu’daki bir yeraltı örgütüne bağlayan yüklü bir para davasıyla karşılaşır 12. Amiri Ryan Maslow’un emirlerini hiçe sayan Mika, cinayetlerin ardındaki gerçeği öğrenmek için çok gizli dosyaları karıştırmaya başlar 2. Araştırmaları onu hedef hâline getirir ve Ozunu Klanı onu öldürüp sonsuza dek susturması için Takeshi’nin liderliğinde bir suikast ekibi gönderir 2.

Raizo, Mika’yı saldırganların elinden kurtarır, ama Klan’ın, ikisi de ölene dek durmayacağını bilmektedir 2. Kendilerini Avrupa sokaklarında bir kedi-fare oyunun içinde bulan Raizo ve Mika, hayatta kalmayı umuyorlarsa birbirlerine güvenmek ve sonunda ulaşılmaz Ozunu Klanı’nı alt etmek zorundadırlar 2.