"Ne Gemiler Yaktım" dizisinin konusu, annelik dışında ortak noktaları olmayan Yasemin ve Fidan adlı iki kadının hayatlarının kesişmesi üzerine kuruludur. Fidan, karanlık bir adam olan kocası Rutkay'ın ardında bıraktığı izleri ve onun kirli işlerini ortaya çıkarmaya çalışırken, bu süreçte baş komiser Toprak ile tanışır.