"Nazo-no-Kanojo X" (Mysterious Girlfriend X) bir lise öğrencisinin sınıfına nakil olan garip bir kızla yaşadığı olayları anlatır. Konu özeti: - Tsubaki'nin sınıfına gelen Mikoto Urabe, asosyal bir kızdır ve sınıfta uyumaktan başka bir şey yapmaz. - Bir gün, Tsubaki ders çıkışı yanında uyuyan Mikoto'yu kaldırır ve eve gitmesini söyler. - Mikoto salya sümük kalkıp giderken, Tsubaki sıranın üzerine akan salyasını görür ve merak edip tadına bakar. - Mikoto'nun hasta olduğunu öğrenen Tsubaki, salyasının nedeninin bu olduğunu anlar ve evine ziyarete gider. - Mikoto, Tsubaki'ye aşk hastalığına yakalandığını açıklar ve çözümü salyasının tadına tekrar bakmaktır. - İkili, herkesten gizli çıkmaya başlar ve günlük salya takası yaparlar.