Naruto Shippuuden 3. sezonda Naruto Uzumaki, Asuma Sarutobi'nin öğrencisi Sora'yı korumaya ve Team Furido ile savaşmaya çalışır. Sezonda yaşanan bazı önemli olaylar: Güç gösterisi: Naruto, rüzgar tipi çakraya sahip olduğunu öğrenir ve bu element üzerinde çalışmaya başlar. Köyün savunması: Furido'nun Dört-Adam Takımı, Leaf Köyü'nü bir bariyerle kuşatır ve köyü yüksek alarma geçirir. Dirilen ruhlar: Team Furido, Limelight Jutsu adlı özel bir teknikle dört kişiyi diriltir ve bu ruhlar, köyün yok edilmesi için elektrik güçlerini kullanır. Ninja savaşları: Naruto ve Yamato, Fuka ve Fudo ile savaşır; Asuma ise Kitane ile mücadele eder. Sora'nın uyanışı: Sora, Naruto'nun yardımıyla gerçek benliğine döner ve köyün yıkım planını durdurur.