Naruto Shippuuden 4. sezonunda yaşanan bazı olaylar şunlardır: Asuma'nın Ölümü: Akatsuki üyesi Hidan, Asuma Sarutobi'yi ölümcül şekilde yaralar. İntikam Çabaları: Shikamaru Nara, Asuma'nın intikamını almak için Hidan'ın peşine düşer. Naruto'nun Eğitimi: Naruto Uzumaki, Kakashi Hatake ve Yamato ile çalışarak Rüzgar Çakrası Doğasını öğrenir. Akatsuki'nin Planları: Akatsuki'nin dünya hakimiyeti için dokuz Kuyruklu Canavar'ı ele geçirme planı ortaya çıkar. Yeni Teknikler: Naruto, yeni saldırısı "Rüzgar Tarzı: Rasenshuriken"i geliştirir. Sezon, 21 Ağustos 2008'de yayınlanmaya başlamış ve 11 Aralık 2008'de sona ermiştir.