Naruto Shippuuden'in 4. sezonunda şu olaylar yaşanıyor: - Asuma Sarutobi'nin intikamı: Shikamaru Nara, Asuma'nın ölümünü Hidan'dan almaya çalışıyor. - Naruto'nun eğitimi: Naruto, Kakashi Hatake ve Yamato ile çalışarak Rüzgar Chakra Doğası'nı öğrenmeye devam ediyor. - Akatsuki'nin istilası: Akatsuki örgütü, Ateş Tapınağı'na saldırarak oradaki ninjaları yok ediyor ve Chiriku'yu öldürüyor. - Yeni düşmanlar: Naruto ve ekibi, Orochimaru'nun uzaktan kumanda ettiği bir grup düşmanla karşılaşıyor. - Önemli kayıplar: Asuma'nın cenazesi yapılıyor ve Shikamaru, duygularını gizleyerek törene katılmıyor.