Naruto Shippuuden 2. sezonunda, Naruto Uzumaki ve arkadaşları, Sasuke Uchiha'yı ikna etmeye çalışırken, Orochimaru'nun alt kademelerindeki bir casusu yakalamaya ve Sasuke hakkında bilgi toplamaya çalışırlar. Sezonda öne çıkan bazı olaylar: Team Kakashi'nin oluşumu. Sai'nin ekibe katılması. Naruto'nun öfkesinin ortaya çıkması. Sezon, 8 Kasım 2007'de yayınlanmaya başladı ve 3 Nisan 2008'de sona erdi.