Naruto Shippuuden'in ilk sezonu, Naruto Uzumaki'nin ustası Jiraiya ile geçirdiği iki buçuk yıllık eğitimin ardından Konoha'ya dönüşünü ve ardından gelişen olayları anlatır. Bu sezonda: Naruto, büyümüş ve eski sakarlıklarından arınmış olarak geri döner. İçine hapsedilen dokuz kuyruklu şeytan tilkiyi (Kyūbi) daha iyi yönetebilir hale gelmiştir. Sakura Haruno ile daha iyi anlaşmakta ve onu yönlendirebilmektedir. Akatsuki örgütü, kuyruklu canavarları toplama planına devam etmektedir.