Naruto Classic, Masashi Kishimoto'nun mangasına dayanan, Naruto adlı genç bir ninjanın hikayesini anlatır. Seri, iki ana bölümden oluşur: 1. Naruto (2002-2007): Naruto'nun çocukluk dönemi ve ninja akademisindeki eğitimi, arkadaşlarıyla olan ilişkileri ve köyünü koruma çabaları. 2. Naruto: Shippuden (2007-2017): Naruto'nun ergenliğe adım atması ve daha karanlık, olgun temaların işlendiği devam serisi; Akatsuki gibi güçlü düşmanlarla mücadelesi ve Sasuke'yi geri getirme çabaları. Hikaye, ninja dünyasının tehlikeleri, dostluk, sadakat ve güç temalarını işler.