Muhteşem Yüzyıl'ın en iyi sahnesi konusunda kesin bir yanıt vermek zor olsa da, bazı öne çıkan sahneler şunlardır: 1. Hürrem'in Harem Yönetimi Sahnesi: Hürrem'in haremin yönetiminin başına geçtiği sahne, izleyiciler tarafından sıkça beğenilen bir sahnedir. 2. Mohaç Savaşı Sahneleri: 500 bin dolarlık bütçeyle çekilen Mohaç Meydan Savaşı sahneleri, dizinin savaş sahneleriyle izleyicileri ekrana kilitlediği anlar olarak hatırlanır. 3. Şehzade Mustafa'nın Yeniçeri Yemin Töreni: Alttan gelen müzik nedeniyle bu sahne de izleyiciler tarafından sevilen sahneler arasında yer alır.