Muhteşem Yüzyıl dizisinde bazı bilinmeyenler: Tarihsel hatalar: Dizide, Osmanlı sarayı teşkilatına dair bazı yanlışlar ve dönemin gerçeklerine uymayan sahneler bulunmaktadır. Karakterlerin yaş ve kimlikleri: Bazı karakterlerin yaşları ve kimlikleri dizide yanlış yansıtılmıştır. Örneğin, Hasan Can'ın dizide altmışlı yaşlarda gösterilmesi, aslında onun o dönemde otuzlu yaşlarda olması gerçeğiyle çelişmektedir. Gerçek olaylar: Hürrem Sultan'ın saraya ilk başlarda dokuz yıl giremediği gibi unutulmuş bazı gerçek olaylar da dizide yer almamıştır. Ayrıca, dizinin yapım belgeseli olan "Gizli Dünya"da, dekor, kostüm ve aksesuarların yanı sıra, kamera arkası ve oyuncuların röportajları gibi daha önce bilinmeyen detaylar da yer almaktadır.