Kraliçe Seondeok, 17 Şubat 647'de, 40 yaşındayken vefat etmiştir. Bazı kaynaklara göre, hastalığının tam olarak ne olduğu veya ölümünün kesin nedeni tanımlanmamıştır. Diğer bir teoriye göre ise, Kraliçe Seondeok'un Bidam'a güvenmesi ve onun ihaneti, onda şok etkisi yaratmış ve bu durum sağlığını olumsuz etkilemiştir. Kraliçe, ölümünden bir gün önce saraylılarını toplayarak öleceğini ve cenazesinin Nangsan'da (Kurt Dağı) bir yere defnedileceğini duyurmuştur.