Mucize Doktor dizisinin ilk iki bölümü, savant sendromlu deha Ali Vefa'nın hayatını ve karşılaştığı zorlukları konu alır. İlk bölümde: Çok yetenekli bir cerrah olan Ali Vefa'yı Hayat Hastanesine kazandırmak isteyen Adil, ilk etapta başarılı olamaz. Ali Vefa'nın başarıları sosyal medyada ve haberlerde yer alınca yönetim kurulu ikiye bölünür. Bir kısım Ali Vefa'nın başarılı olacağını düşünürken, bir kısım tepki gösterir ve bu tepki komploya dönüşür. Ali Vefa, kalabalık bir ortamda vakaya müdahale ederken atakları tutar ve ölmek üzere olan hastaya geç kalır. İkinci bölümde: İlk resmi iş gününde hata üstüne hata yapan Ali'yi Ferman hizaya getirmeye çalışır, ancak Ali Ferman'ı dinlemez ve hastanede tansiyon yükselir. Nazlı, Ali'ye hastane içinde ve dışında yardımcı olmaya çalışır. Beliz ve Adil, yolları ayırmanın eşiğine gelirler.