Minyonlar filminin hikayesi, tarih öncesi çağlardan beri kendilerine kötü bir efendi arayışında olan minyonların, Dracula'dan, Firavun'a, Napolyon'dan, Dinozorlara kadar birçok kişiye hizmet etmeye çalışmalarını anlatıyor. Hizmet edecek bir efendi bulamayınca Antartika'da kendi hallerinde yaşamaya başlayan minyonların kaderi 1960'lı yıllarda değişir. Minyonlar filminin konusu ayrıca şu şekilde özetlenebilir: Başlangıçta basit, tek hücreli sarı organizmalar olan minyonlar, çağlar boyunca her biri bir öncekinden daha aşağılık efendilerin hizmetinde evrimleşmiştir. Tiranozorlardan Napolyon'a kadar bu efendilerin tekrar tekrar ortadan kaybolması minyonları derin bir depresyona sürüklemiştir. Ama içlerinden Kevin adında birinin bir fikri vardır. Asi genç Stuart ve sevimli küçük Bob tarafından desteklenen Kevin, halkına rehberlik edecek yeni bir kötü patron aramaya koyulur. Üç minyon, onları yeni efendilerine götürecek heyecan verici bir yolculuğa çıkar. Yeni patronları, tarihteki ilk süper kötü Scarlet Overkill'dir. Antarktika'dan 1960'ların New York'una, üç arkadaş sonunda Londra'ya varır ve burada varoluşlarının en korkunç tehdidiyle karşı karşıya kalırlar: türlerinin yok olması.