"Mikagura School Suite", yatılı bir okul olan Özel Mikagura Akademisi'nde geçen bir hikayedir. Bu okulda her bir kültürel kulüp temsilcisi, özel güçler aracılığıyla birbirleriyle savaşır. Hikayenin ana konusu, hangi liseye gideceğine karar veremeyen üçüncü sınıf ortaokul öğrencisi Eruna Ichinomiya'nın, kuzeni Shigure'nin tavsiyesi üzerine Özel Mikagura Akademisi'ne kaydolmasıyla başlar. Eruna, bir süre sonra kendi kulübünü kurar ve "After School Paradise Club" adını verir.