"Medaka Anime" iki farklı seri için kullanılabilir: "Medaka Kuroiwa Is Impervious to My Charms" ve "Medaka Box". 1. "Medaka Kuroiwa Is Impervious to My Charms", Mona Kawai'nin, yeni transfer öğrenci Medaka Kuroiwa'ya olan aşkını konu alır. 2. "Medaka Box" ise, Medaka Kurokami'nin, Hakoniwa Akademisi Öğrenci Konseyi Başkanı olmasını ve öğrencilerin isteklerini yerine getirmek için kurduğu "Medaka Box" adlı öneri kutusunu işler.