Matrix üçlemesi, temel olarak insanlığın yapay zeka ile olan mücadelesini ve bu mücadelenin sonuçlarını anlatır. Hikaye şu şekilde özetlenebilir: 1. İkinci Rönesans: Milenyum çağının ortalarında insanlar, yapay zekaya can vermiş ve tüm yükümlülüklerini makinelere devretmiştir. 2. Savaş: Makineler, güneş ışınlarını kapatarak dünyayı karanlığa boğar ve insan ırkına karşı savaş açar. 3. Yeni Dünya Düzeni: Makineler, insan bedenindeki ısıyı elektrik enerjisine dönüştürerek yeni bir enerji kaynağı bulur ve insanları Matrix adı verilen bir simülasyona bağlayarak bu enerjiden faydalanmaya başlar. 4. Matrix: Matrix programının tasarımcısı olan Mimar, ilk sürümlerde insanlar için kusursuz bir dünya kurar. 5. The One: Yüzyıllar süren seçilmiş kişi döngüsünde kurtarılan insanlar, Zion adını verdikleri yeraltı şehrini kurar ve makinelere karşı direnişe geçer. 6. Döngünün Sonu: Virüs gibi kendini kopyalayan Smith, tüm Matrix'i ele geçirir ve makinelere bulaşır. 7. Barış: Neo, makine şehrine giderek Smith ile yüzleşir ve anlaşmanın gereği olarak makinelerle insanlık arasındaki savaşı sona erdirir.