"Knuckles" dizisi, Kirpi Sonic 2 ve 3 filmleri arasındaki olayları konu almaktadır .
Dizinin hikayesi, eski bir ajan olan ve şimdilerde şerif yardımcılığı yapan Wade Whipple'ın, kritik görevler için iyi bir eğitime ihtiyaç duymasıyla başlar . Wade'in bu eğitimi, onu himayesi altına alan ve Echidna savaşçısının yollarını öğreten Knuckles ile birlikte olur .
Ancak, işler planlandığı gibi gitmez ve ikili, beklenmedik tehlikelerle karşı karşıya kalır . Ayrıca, onları takip eden rogue G.U.N. ajanları ve Knuckles'ın eski bir protegesi de hikayeye dahil olur .