"Kızıl Goncalar" dizisi, herhangi bir gerçek hikayeye dayanmamakta olup, tamamen kurgusal bir hikaye üzerinden inşa edilmiştir. Dizinin senaristi Şükrü Necati Şahin, ödül töreninde yaptığı konuşmada, annesinin eğitim hayatındaki zorluklardan bahsederek, senaryosunun kendi kişisel hikayesinden ilham aldığını belirtmiştir. Hikaye, mutaassıp bir tarikatın içinde büyüyen Meryem ile seküler bir Atatürkçü olan psikiyatr Levent’in kesişen yaşamlarını ve bu karşılaşmaların yarattığı çatışmaları ele almaktadır.