Kekkai Sensen, "Libra" adlı bir örgütün, New York olarak bilinen Hellsalem’s Lot şehrinde, şehir sakinleri ile diğer yaşam formları arasındaki dengeyi koruma çabalarını anlatır. Hikaye, "Tanrıların Her Yerini Gören Gözü"ne sahip olan Leonardo Watch adlı genç bir fotoğrafçının, kız kardeşinin görme yeteneğini geri kazanmak için bu şehre gelmesiyle gelişir. New York, bir gecede "Jerusalem's Lot"a dönüşür ve bir portal açılarak iki dünya birleşir.