Karantina filmi, ağırlıklı olarak İstanbul'un Avrupa Yakası'ndaki çeşitli semtlerde çekilmiştir. Çekimlerin büyük bir kısmı, filmin okul sahnelerinin de yer aldığı Zorlu Koleji'nin bulunduğu bölgede gerçekleştirilmiştir. Filmin dış sahneleri için ise İstanbul'un tarihi ve modern bölgeleri kullanılmıştır.