Kaptan Harlock, dünya hükûmetlerinin ve insanların ilgisizliğine karşı isyan eden ve daha sonra bir uzay korsanı olan Kaptan Harlock'un maceralarını konu alır 15.

Seri, düzen karşıtı isyan teması etrafında cesaret, onur ve umut gibi temaları işler 5.

Hikaye, 2977 yılında geçer 15. İnsanlık, ileri bir uygarlık seviyesine ulaşmıştır, ancak yabancı istilacılar nedeniyle umutsuzluk içindedir 15. Kaptan Harlock, "Arcadia" adlı yıldız gemisinde bir ekip kurarak dünyayı istilacılardan kurtarmaya çalışır 15. Başlıca düşmanı, tarih öncesi zamanlarda dünyayı araştırmış olan ve şimdi dünyayı geri almak için dönen bitki tabanlı bir kadın uzaylı ırkı olan Mazonelar'dır 1.