JoJo's Bizarre Adventure: Stardust Crusaders hikayesi, Jotaro Kujo ve arkadaşlarının, DIO adlı aile düşmanlarını yenerek Jotaro'nun annesinin hayatını kurtarma çabalarını anlatır. Olayların gelişimi şu şekildedir: - Jotaro, bir suçlu olarak tutuklanmıştır ve içinde bir "kötü ruh" olduğunu düşünmektedir. - Joseph Joestar ve yardımcısı Avdol, Jotaro'ya aslında içinde bir Stand (süperhuman yeteneklere sahip bir ruh) olduğunu açıklarlar. - Grup, Dio'yu yenmek ve Holly'nin hayatını kurtarmak için Mısır'a doğru bir yolculuğa çıkar. - Yolda, başka Stand kullanıcıları olan suikastçılarla karşılaşırlar ve aralarına Polnareff da katılır. - Kahire'ye ulaştıklarında, Dio'nun malikanesine girip onunla yüzleşirler. Sonuç olarak, Jotaro, Joseph ve Polnareff hayatta kalırken, diğer tüm müttefiklerini kaybederler.