Jodhaba Akbar filminin sonunda, Ekber (Hrithik Roshan) ve Jodhaba (Aishwarya Rai Bachchan) arasındaki yanlış anlaşılmalar giderilir ve çift yeniden bir araya gelir. Ekber, Jodhaba'nın masum olduğunu öğrenince ondan özür diler ve saraya geri dönmesini ister. Film, Ekber'in, insanların dinlerine saygı gösterildiği takdirde Hindustan'ın huzurlu ve müreffeh bir ülke olacağını ilan etmesiyle sona erer.