Jodhaa Akbar, 16. yüzyılda geçen ve gerçek bir yaşam öyküsünden esinlenen bir aşk hikayesini anlatır. Konu özeti: Büyük Mughal İmparatoru Akbar ve Rajput Prensesi Jodhaa arasındaki aşkı konu alır. Akbar, küçük beylikleri emrine almak için savaşırken, Jodhaa'nın babasının beyliği de bu beyliklerden biridir. Jodhaa'nın babası, Akbar'a boyun eğmek istemez ve kızını vererek beyliğini güvence altına alır. Başlangıçta bu evliliği istemeyen Jodhaa, zamanla kocasına aşık olur. Akbar ve Jodhaa'nın evliliği, birbirlerinin dinine müdahale etmeden devam eder. Jodhaa bir iftiraya maruz kalır ve Akbar tarafından saraydan gönderilir, ancak sonunda gerçek ortaya çıkar.