Jodhaa Akbar filminin konusu, 16. yüzyılda geçen bir aşk hikayesine dayanmaktadır. Filmde, Moğol İmparatoru Celaleddin Muhammed Akbar ile Hindu Rajput prensesi Jodhaa'nın siyasi bir evlilikle başlayan ilişkileri ve zamanla bu evliliğin gerçek bir aşka dönüşmesi anlatılmaktadır. Akbar, barış ve halkının huzuru için her şeyden önce gelen bir liderdir.