"İstanbul Kanatlarımın Altında" filmi, 17. yüzyılda Osmanlı İmparatorluğu'nun IV. Murad döneminde geçen bir hikayeyi anlatır. Filmin konusu: Hezarfen Ahmet Çelebi ve Lagari Hasan Çelebi, kuş gibi uçabilmeyi araştırmaktadırlar. Cezayirli korsanlar tarafından ele geçirilen bir Venedik gemisindeki İtalyan köle kızı Franceska, Hezarfen'in eline geçen ve uçmayı gösteren el yazmasına sahiptir. Hezarfen ve Hasan, ölü insan bedenleri üzerinde deney yaparken yakalanırlar ve idama gönderilirler. Sultan Murat, onların araştırmalarını ciddiye alır ve ikilinin Osmanlı düşmanlarını yenmek için kullanılabileceğini savunurlar. Hezarfen ve Franceska birbirlerine aşık olurlar. Film, hayallerini gerçekleştirmek isteyen dört karakter üzerinden eski İstanbul'un tarihi dokusunu ve Osmanlı'nın baskı ve yasaklarla geçen dönemini yansıtır.