Hunter x Hunter: Son Görev, serinin dördüncü sezon finali olan "Greed Island arc"tan sonra ve beşinci sezon galası olan "Chimera Ant arc"tan önce geçen bir hikayeyi anlatıyor. Filmde, Hunter Association'ın eski "Shadow" ekibinin lideri Jed ve arkadaşlarının amacı, örgütün yıkılmasının ardından barışçıl bir şekilde yerleşen "Gölge"nin torunlarına karşı işlenen suçların bir kaydı olan "Kara Rapor"u kamuoyuna açıklamak için Avcı Derneği'ni zorlamaktır. Gon ve Killua, Heaven's Arena'yı ziyaret eder ve arkadaşları Zushi'ye destek olurlar. Jed ve ekibi ile Gon ve Killua arasındaki mücadele, Jed'in nefretle beslenen "On" gücünü kullanmasının ardından, Hunter Association tarafından yok edilmesiyle sonuçlanır. Film, Heaven's Arena'nın normale dönmesiyle sona erer ve Battle Olympia Turnuvası'nın başlamasına izin verilir.