Hayır, Hunter x Hunter 2011 ve 1999 aynı değildir. İki seri arasındaki bazı farklar şunlardır: Hikaye: 1999 versiyonu Yorknew City arc'ında sona ererken, 2011 versiyonu hikayenin devamını anlatır. Animasyon: 2011 versiyonu, daha iyi animasyon teknolojisi sayesinde daha yüksek kaliteli grafiklere sahiptir. Sadakat: 2011 versiyonu mangaya daha sadıktır, 1999 versiyonunda ise mangada bulunmayan ek içerikler vardır. Pacing (İlerleme Hızı): 2011 versiyonu daha hızlı bir tempoya sahiptir. Karakterizasyon: Bazı karakterlerin kişilikleri ve iç çatışmaları, özellikle Gon ve Kurapica'nın, iki versiyonda farklılık gösterir.