House M.D. 2. sezonunda çeşitli tıbbi vakalar ve karakterler arasındaki ilişkiler ön plana çıkar. İşte bazı önemli olaylar: "Kabul" bölümünde, bir ölüm row mahkûmu halüsinasyonlar görmeye başlar ve House davayı üstlenir. "Otopsi" bölümünde, terminal kanseri olan bir kızın bravery belirtileri göstermesi, House'un onun durumunu sorgulamasına neden olur. "Rafadan Kafadan" bölümünde, Cuddy'nin tamircisi Alfredo'nun garip semptomları, ekibin onu teşhis etmeye çalışmasını gerektirir. "TB veya Değil TB" bölümünde, Afrika'da tüberküloz benzeri semptomlar gösteren ünlü bir doktor, medyanın ilgisini çeker. "Baba'nın Çocuğu" bölümünde, bir baba ve gizemli hasta oğlu arasındaki güven sorunu, teşhis ve tedaviyi engeller. Sezon boyunca, House'un eski kız arkadaşı Stacy Warner ile olan ilişkisi de önemli bir yer tutar.