Hitman: Agent Jun, kendini tutkusuna adamak için kendi ölümünü taklit eden bir hükümet tetikçisinin hikayesini anlatıyor. Filmin konusu kısaca şu şekildedir: Jun, bir webtoon sanatçısı ve bir inşaat sitesinde çalışan bir işçidir. Bir gün, sarhoşken, gizli bir ajanın hayatını anlatan bir webtoon çizer ve bu webtoon büyük bir başarı elde eder. Jun'un ailesi sonunda gözden uzak bir yaşam sürmenin mutluluğunu yaşarken, Jun'un hayatının aslında webtoon'a konu olan gizli bir operasyona dayandığı ortaya çıkar. Ulusal İstihbarat Servisi (NIS) ajanları, Jun'u bulur ve sorgular. NIS ajanları, Jun'un kızını yakalar, ancak Jun'un eski meslektaşı Cheol, onunla birlikte kaçar ve Jun'un yerine geçer. Cheol, Şef Cheon ve Jun, Jason'ın yerini bulur ve sonunda onu ve adamlarını alt ederler. Jun, sonunda masumiyetini kanıtlar ve ailesiyle birlikte huzurlu bir yaşam sürmeye başlar.