"Guilty Crown", 2029 yılında yaşanan "Kayıp Noel" adlı bir virüs salgınının ardından Japonya'nın çok uluslu bir organizasyon olan GHQ'nun kontrolü altına girmesini ve bu süreçte yaşanan olayları anlatır. Hikayenin ana hatları: Shu Ouma, "Kralların Gücü" adlı bir yeteneğe sahiptir ve bu yetenek sayesinde diğer insanlardan "Boşluklar" olarak adlandırılan öğeleri çıkarabilir. Shu, "Undertakers" adlı yer altı örgütünün bir üyesi olan Inori Yuzuriha ile tanıştıktan sonra, GHQ ve isyancı Funeral Parlor organizasyonu arasındaki çatışmanın ortasına düşer. Shu, yeteneğinin getirdiği yükle ve geçmişinin gizemiyle yüzleşmek zorundadır. Animede aksiyon, bilim kurgu, dram ve romantizm unsurları bir arada işlenmiştir.