"Guilty Crown", 2029 yılında Japonya'yı saran tanımlanamayan bir virüsün anarşiyi yayarak hükümetin çökmesine yol açtığı bir hikayeyi anlatır. Hikaye, bu olaydan 10 yıl sonra, 2039 yılında geçer ve Ouma Shuu adlı kendi halinde bir öğrencinin, Inori Yuzuriha ile tanışmasıyla başlar. Shu, bu örgütle birlikte hareket etmeye başlar ve sağ elinde bulunan "Kralların Gücü" adlı yeteneğin getirdiği yük ve geçmişinin korkunç gizemiyle başa çıkmak zorunda kalır.