"Grisaia no Kajitsu", normal bir okul hayatı sürmek isteyen Yuuji Kazami'nin, sadece beş kız öğrencinin olduğu eski bir hapishane olan Mihama Akademisi'ne transfer olmasını konu alır. Yuuji, bu okulda herkesin kendine özgü sorunları olduğunu fark eder ve bu sorunları çözmek için çaba gösterir.