Energon Universe, iki düşman ırktan gelen ve "Kutsal Halka" adlı bir bölgede yaşayan Darak ve Solila adlı karakterlerin, hayatta kalmak için bir araya gelmelerini ve bu süreçte keşfettikleri bir sırrı konu alır. Hikaye, iki ana temayı işler: 1. Uzaydaki Savaş: Darak ve Solila'nın bulunduğu bölgede, Agorlular ve Zertonyalılar arasında bir savaş vardır. 2. Dünya'daki Savaş: Cybertron'daki Autobotlar ve Decepticonlar'ın savaşı, Dünya'ya sıçrar ve bu durum, G.I. Joe ve Cobra gibi özel operasyon ekiplerinin kurulmasına yol açar. Energon Universe, Transformers ve G.I. Joe gibi klasik entelektüel mülkleri ve orijinal hikayeleri bir araya getiren bir çizgi roman evrenidir.