Elio filminin konusu, uzaylılara hayran olan 11 yaşındaki Elio'nun bir gün yanlışlıkla Dünya'nın lideri sanılmasıyla başlar. Elio, bu yeni dünyada beklenmedik dostluklar kurmak, galaksiler arası bir krizi çözmek ve hayallerini gerçekleştirme şansını kaybetmemek için büyük bir maceraya atılır. Film, aidiyet, yalnızlık ve kendini bulma temalarını işler.