"Doktor Stone" 1. bölüm, tüm insanlığın taşa dönüştüğü gizemli bir fenomeni konu alır. Bölümün özeti: - Bilim meraklısı Senku ve arkadaşı Taiju, okulda geçirdikleri bir günün ardından Taiju'nun Yuzuriha'ya olan aşkını itiraf etmeye karar vermesiyle başlar. - Tam o sırada gökyüzü yeşil bir ışıkla kaplanır ve her iki arkadaş da dahil olmak üzere dünyadaki tüm insanlar taşa döner. - Binlerce yıl sonra, Taiju taştan kurtulur ve Senku ile yeniden bir araya gelir. - İlk altı ay boyunca, Senku ve Taiju, Revival Fluid adını verdikleri bir iksir üzerinde çalışarak diğer insanları taştan kurtarmanın yolunu ararlar.