House M.D. dizisinin 3. sezonunda yaşanan bazı olaylar şunlardır: İkinci sezonun finalinde vurulan House, ketamin tedavisi sonrası geçici olarak ayaklarını tekrar kullanmaya başlar. House, inatçı bir hastayı muayene odasında rektumunda termometre bırakarak terk eder. Polis dedektifi Michael Tritter, House'ın Vicodin bağımlılığına dayanarak bir soruşturma başlatır. House, Chase'i işten kovar, Foreman istifa eder ve Cameron da işten ayrılır. 17 yaşındaki bir kız, House'a aşık olur ve House, onun bir mantar enfeksiyonu geçirdiğini teşhis eder. House, kan lekeli halısının ofisine geri konulmasını ister. House, bir hastadan omurilik siniri çalmaya çalışır. Cameron ve Chase, hastane deposunda ve bir hastanın evinde birlikte uyurlar. House M.D. dizisinin 3. sezonu, 5 Eylül 2006'da başlamış ve 29 Mayıs 2007'de sona ermiştir.