Dedektif Conan (Meitantei Conan) dizisi, 17 yaşında, henüz liseye gitmesine rağmen birçok olayı çözmüş genç bir dedektif olan Shinichi Kudo'nun hikayesini anlatıyor. Shinichi, kız arkadaşıyla gittiği parkta şüpheli birilerini takip ederken siyahlar giymiş bir adam tarafından bayıltılır ve vücudunda hiç iz bırakmadan içirilen kişiyi öldüren zehirli bir hap içirilir. Kendisini bu hale getiren adamların ölmediğini öğrenip ailesine veya arkadaşlarına zarar vermemesi için adını Edogawa Conan olarak değiştiren Shinichi, arkadaşı Ran ve onun dedektif olan babasıyla birlikte yaşamaya başlar. Bundan sonra Conan için her anı gizem ve bilmecelerle dolu saatler başlar.