Deadman Wonderland, Japonya'nın başkenti Tokyo'da geçen bir hikayeyi anlatır. Konu özeti: - 14 yaşındaki Ganta Igarashi, bir sınıf gezisini tartışırken sınıf arkadaşlarının dışında beliren Red Man adlı bir adam tarafından katledilir ve sadece Ganta hayatta kalır. - Red Man, Ganta'nın göğsüne kırmızı bir kristal yerleştirir. - Ganta, işlemediği bir suçtan hüküm giyer ve idam cezasına çarptırılır. - Depremden sonra Tokyo'yu kalkındırmak amacıyla turistik bir yer olarak inşa edilen özel bir hapishane olan Deadman Wonderland'a gönderilir. - Hapishanede mahkumlar, hem oranın çalışanları hem de ziyaretçilerin eğlencesi olarak görev yapar. - Ganta, burada kendisini eskiden tanıyor gibi görünen Shiro adlı gizemli bir kızla ve her şeyin yerini belirleyebilme yeteneğine sahip olan kleptoman Yoh ile dostluk kurar. - Ganta, göğsündeki kristalin kendisine ilginç bir güç sağladığını keşfeder ve bu gücü kullanarak masumiyetini kanıtlamaya çalışır.