Danganronpa, Hope's Peak Academy'nin 15 üstün yetenekli öğrencisinin hikayesini anlatır. Oyunun ana konusu şu şekilde özetlenebilir: Makoto Naegi, rastgele seçilerek en iyi öğrencilerin kabul edildiği Hope's Peak Lisesi'ne girer. Okula adım atar atmaz, ne olduğu kestirilemeyen bir güç tarafından bayıltılır. Ayıldığında, 14 kişiyle birlikte binanın içinde kapalı kalır. Monokuma isimli konuşan bir oyuncak ayı, öğrencilere binadan ancak cinayet işleyip, yakayı ele vermezlerse kurtulabileceklerini söyler. Oyun, Ace Attorney serisine benzer bir oynanışa sahiptir.