Dandadan, doğaüstü güçlere sahip iki gencin, çok sayıda müttefikin yardımıyla ruhlarla ve uzaylılarla savaşmasını konu alır. Hikayenin ana hatları: Momo Ayase ve Ken Takakura (Okarun) adlı iki lise öğrencisi, doğaüstü varlıkların gerçek olup olmadığını kanıtlamak için bir iddiaya girerler. Momo, kötü ruhların yaşadığı söylenen bir galeriye, Okarun ise uzaylıların göründüğü terk edilmiş bir hastaneye gider. Her ikisi de haklı çıkar; hem uzaylılar hem de hayaletler gerçektir. Hikaye, bu iki karakterin doğaüstü ve dünya dışı unsurları düzeltmeye çalışırken başlarından geçenleri anlatır. Ayrıca, seride içten bir arkadaşlık öyküsü ve büyüme sancıları da işlenmektedir.