Çukur'un ilk sezonu ile ikinci sezonu arasındaki farklar, hikaye ve karakter gelişiminden kaynaklanmaktadır.

İlk sezon, Koçovalı ailesinin mahalledeki yasa dışı işlerin kontrolünü elinde tutması ve ailenin kayıp oğlu Yamaç Koçovalı'nın yıllar sonra mahalleye dönerek ailesini ve mahalleyi dış tehditlerden koruma çabası üzerine kuruludur 23.

İkinci sezon ise, Karakuzular adlı yeni bir çetenin ortaya çıkmasıyla birlikte, Yamaç'ın bu çeteyle olan mücadelesine ve Cumali Koçovalı'nın hikayesine odaklanır 25. Ayrıca, bu sezonda aile bağları ve adalet arayışı gibi temalar da işlenmiştir 2.

Bu farklılıklar, dizinin hikayesi ve karakterlerinin evrilmesiyle birlikte, izleyicilere daha karmaşık ve derin bir anlatı sunmak amacıyla yapılmıştır.