Çukur'un ilk sezonu ile ikinci sezonu arasındaki fark, hikayenin gelişimi ve karakterlerin yaşadığı değişimlerden kaynaklanmaktadır. İlk sezonda, Koçovalı ailesinin Çukur'u terk etmesi ve yerine Karakuzular'ın geçmesi anlatılmaktadır. İkinci sezonda ise, Çukur'un kontrolü yeniden Koçovalı ailesine geçerken, Yamaç'ın Vartolu ve Cumali ile birlikte hareket ederek Karakuzular'a karşı savaşması konu edilmektedir.