Clannad anime serisi, okulda beş kız öğrenci ile birlikte birçok insanı buluşturan ve okuldaki kişisel sorunlarını çözmeye yardımcı olan bir liseli genç olan Tomoya Okazaki'nin hayatını anlatır. Hikaye iki ana kısma ayrılır: 1. İlk sezon: Tomoya'nın Nagisa ve diğer dört kızla olan etkileşimlerini kapsar: Kyou Fujibayashi, Ryou Fujibayashi, Kotomi Ichinose ve Fuko Ibuki. 2. İkinci sezon (Clannad: After Story): Tomoya ve Nagisa'nın mezun olduktan sonraki hayatlarını, karşılaştıkları zorlukları ve yetişkinliğe geçiş süreçlerini işler. Seri, komedi, drama, romantizm ve fantezi unsurlarını dengeleyerek, arkadaşlık, aile ve aşkın değerini vurgulayan bir hikaye sunar.