Castle 6. sezon, Richard Castle ve Kate Beckett çiftinin evlilik kararlarını aldıktan sonra yaşadıkları zorlukları ve yeni vakaları konu alır. Sezonda öne çıkan olaylar şunlardır: - Kate'in Washington D.C.'ye gitmesi: Beckett, FBI'da özel bir görevde çalışmak üzere şehirden ayrılır. - Aile içi dinamikler: Castle'ın kızı Alexis, yeni sevgilisi Pi ile eve taşınır ve bu durum Castle'ı rahatsız eder. - Seri cinayetler ve gizemler: Ekip, bir dizi tuhaf cinayeti araştırırken, zaman yolculuğu, ninjalar ve olası bir katil zaman gezgini gibi karmaşık vakalarla karşılaşır. Ayrıca, sezon boyunca New York Polis Departmanı içindeki sistematik yolsuzluk ve Castle'ın yazarlık kariyeri de işlenir.