Brubaker filmi, Arkansas'taki Wakefield Eyalet Hapishanesi'nde yaşanan yolsuzluk ve insan hakları ihlallerini konu almaktadır. Filmin özeti şu şekildedir: İdealist bir hapishane müdürü olan Henry Brubaker, hapishanedeki kötüye kullanımı ve şiddeti kendi gözleriyle görmek için bir mahkum kılığına girerek göreve başlar. Filmde ayrıca, Brubaker'ın, Abraham Cook adlı yaşlı bir mahkûmun, öldürülen mahkumlar için tabut yapması yönündeki itirafını öğrenmesi ve ardından Cook'un cesedini hapishanenin bayrak direğine asılı bulması gibi olaylar da işlenmektedir.