Ben 10: Alien Force ve Ben 10: Ultimate Alien arasında şu olaylar gerçekleşti: Ben 10: Alien Force'un sonunda, Ben, Gwen ve Kevin, Vilgax'ı yenerler ve Ben, Omnitrix'in gücünü öğrenmiş olarak normal bir yaşama döner. Ben 10: Ultimate Alien'da, Ben, Vilgax'ı yendikten sonra gündelik tesisatçı işine geri döner. Ben, Omnitrix yerine Ultimatrix'i kullanmaya başlar ve bu yeni cihazla daha güçlü ve farklı uzaylılara dönüşebilir. Dizi boyunca, Agreggor gibi kötüler Ben'den intikam almak için planlar yaparken, Vilgax ve diğer kötüler de Ben'e karşı harekete geçer. Dizinin sonunda, Azmuth Ultimatrix'i imha eder ve Ben'e yeni Omnitrix'i vererek yeni seri olan Ben 10: Omniverse'i başlatır.