Basilisk anime, iki ninja klanı olan Koga ve Iga'nın 400 yıllık savaşlarını ve bu savaşın içindeki aşkı anlatır. Koga Klanı'ndan Gennosuke ve Iga Klanı'ndan Oboro birbirlerine aşıktır ancak kaderleri savaşmaktır. Hikaye, Tokugawa Ieyasu'nun hangi torununun bir sonraki şogun olacağını belirlemek üzerine kuruludur. 2005 yapımı anime, 2018'de yayınlanan ve ilk serinin sonrasını anlatan Basilisk: Ouka Ninpou Chou adlı serinin de temelini oluşturur.