Baki Hanma, ana karakter Baki'nin, dünyanın en güçlü insanı olan babası Yujirou Hanma'yı yenmek için verdiği mücadeleyi anlatır. Baki, babasının izinden giderek daha yoğun bir antrenman programına başlar ve yer altı arenalarında dövüşerek kendini geliştirir. Hikaye, baba-oğul arasındaki bu çekişmeye odaklanırken, Baki'nin güçlenme süreci ve karşılaştığı zorluklar da işlenir.