Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone adlı ilk film, Neon Genesis Evangelion anime serisinin ilk altı bölümünü yeniden anlatıyor. Filmin konusu, İkinci Etki olarak bilinen gezegen çapındaki bir felaketten on beş yıl sonra, 2015 yılında geçiyor. Hikaye, Tokyo-3'teki özel bir ajans olan Nerv tarafından dev bir mecha olan Eva Unit-01'i pilotluk yapması için çağrılan Shinji Ikari adlı bir gencin etrafında dönüyor.